Durch Reskript vom 17. Juli 1811 hat König Friedrich von Württemberg die Stadt Friedrichshafen gegründet. Genau ein Jahr später entschloss sich der König, in Friedrichshafen eine Evangelische Kirchengemeinde einzurichten.
Am 16. Juli 1812 bestimmte er die ehemalige Klosterkirche zur Pfarrkirche für die damals hier lebenden evangelischen Christen. Es waren 18 Seelen ohne die sich in Friedrichshafen aufhaltenden fremden Personen. Am 4. Oktober 1812 feierten die evangelischen Christen in der heutigen Schlosskirche ihren ersten Gottesdienst. Bis 1939 wuchs die Gemeinde auf 8200 Mitglieder. An Pfingsten 1945 waren davon 300 übrig geblieben.
Das Gemeindeleben musste neu beginnen. Der Wiederaufbau des im zweiten Weltkrieg stark zerstörten Friedrichshafen ließ die Stadt stark expandieren.
1994 wurde dann die Evangelische Gesamtkirchengemeinde gegründet. Dabei ist aus den beiden Pfarrbezirken der Innenstadt die Schlosskirchengemeinde gebildet worden, sodass die Gesamtkirchengemeinde heute aus vier selbständigen Kirchengemeinden besteht.
Innerhalb der heutigen Stadtgrenzen von Friedrichshafen liegen noch die Kirchengemeinden Manzell, Ailingen und Kluftern (gehört zur badischen Landeskirche).